Asal-usul nama Surat Al Baqarah bermula dari kisah perintah Allah SWT kepada Bani Israil untuk menyembelih seekor sapi betina sebagai jalan mengungkap pelaku pembunuhan misterius, sebagaimana termuat dalam ayat 67-73. Kata Al-Baqarah sendiri berarti "sapi betina", dan penamaan surat ini merujuk langsung pada peristiwa penting tersebut yang menjadi inti pembahasan dalam surat kedua di Al-Qur'an tersebut.

Kisah tersebut berawal ketika seorang laki-laki kaya raya dari kalangan Bani Israil ditemukan tewas terbunuh tanpa memiliki keturunan, sehingga kematiannya memicu perselisihan mengenai siapa yang bertanggung jawab sekaligus siapa yang berhak atas harta warisannya. Karena tidak menemukan titik terang dan khawatir terjadi pertumpahan darah akibat saling menuduh, Bani Israil mendatangi Nabi Musa AS untuk meminta petunjuk. Nabi Musa AS kemudian menyampaikan firman Allah SWT: "Sesungguhnya Allah memerintahkan kamu agar menyembelih seekor sapi betina." (QS Al-Baqarah: 67), namun jawaban tersebut justru membuat mereka heran dan bertanya, "Apakah engkau hendak menjadikan kami sebagai bahan ejekan?" Nabi Musa AS menjawab, "Aku berlindung kepada Allah agar tidak termasuk orang-orang yang bodoh," menegaskan bahwa perintah tersebut adalah wahyu Allah, bukan candaan ataupun ejekan.

Pada awalnya Allah SWT tidak menentukan secara rinci jenis sapi yang harus disembelih, artinya sapi betina apa pun sebenarnya telah memenuhi perintah tersebut. Namun, Bani Israil justru terus mengajukan pertanyaan dengan meminta Nabi Musa AS menjelaskan usia sapi yang dimaksud, dan Allah SWT menjawab bahwa sapi tersebut tidak terlalu tua dan tidak terlalu muda, melainkan pertengahan. Belum puas, mereka kembali bertanya mengenai warnanya, dan Allah SWT menjelaskan bahwa sapi itu berwarna kuning tua yang cerah dan sedap dipandang. Mereka masih juga merasa belum jelas, lalu kembali meminta penjelasan lebih rinci, sehingga banyak bertanya justru menyulitkan mereka sendiri dalam menjalankan perintah tersebut.