Banyak ayat Al-Quran yang menerangkan tentang perang, namun perlu diingat bahwa ayat-ayat perang tersebut harus dilihat konteks historisnya. Perang dalam Islam harus dibingkai dalam bentuk fisabilillah, yakni untuk menegakkan nilai-nilai Tauhid atau jalan kebenaran dan keadilan, serta untuk perlawanan dengan alasan kemanusiaan, termasuk untuk mendapatkan kemerdekaan. Pada masa Nabi Shallallahu Alaihi Wassalam, peperangan antara kaum muslimin dengan kaum musyrik tidak bisa dielakkan, kendati tujuannya untuk menegakkan keadilan, menghapus kezaliman, melawan kekerasan dan penyerangan.

Allah berfirman dalam Al-Qur'an Surat Al-Hajj Ayat 39-40: "Telah diizinkan (berperang) bagi orang-orang yang diperangi, karena sesungguhnya mereka telah dianiaya. Dan sesungguhnya Allah, benar-benar Maha Kuasa menolong mereka itu. (yaitu) orang-orang yang telah diusir dari kampung halaman mereka tanpa alasan yang benar, kecuali karena mereka berkata: 'Tuhan kami hanyalah Allah.' Dan sekiranya Allah tiada menolak (keganasan) sebagian manusia dengan sebagian yang lain, tentulah telah dirobohkan biara-biara Nasrani, gereja-gereja, rumah-rumah ibadat orang Yahudi dan masjid-masjid, yang di dalamnya banyak disebut nama Allah. Sesungguhnya Allah pasti menolong orang yang menolong (agama)-Nya. Sesungguhnya Allah benar-benar Maha Kuat lagi Maha Perkasa." Dilansir dari Jurnal berjudul "Teks dan Konteks Perang dalam Al-Qur'an (Sebuah Pendekatan Sirah Nabawiyyah dan Hadis)" karya Syiahidin, dosen FUAD IAIN, ayat di atas dinilai banyak ulama sebagai ayat pertama yang berbicara tentang peperangan dalam Islam. Memang sejak meningkatnya penganiayaan kaum musyrikin Mekkah terhadap kaum muslimin, banyak sahabat Nabi meminta izin agar dibolehkan membalas, namun Nabi meminta mereka bersabar sampai beliau memperoleh izin dari Allah Ta'ala.

Ada juga yang berpendapat ayat pertama yang berkaitan dengan perang adalah firman-Nya: "Perangilah di jalan Allah, orang-orang yang memerangi kamu" (QS. Al-Baqarah Ayat 190). Namun pendapat ini kurang tepat, karena ayat itu merupakan perintah berperang, sedangkan ayat 39 dan 40 dari Surat Al-Hajj merupakan izin dibolehkannya berperang, sambil menjelaskan mengapa izin itu diberikan. Dengan turunnya ayat ini, Al-Qur'an telah mendahului hukum positif tentang bolehnya melakukan tindakan apapun yang sesuai untuk mempertahankan diri dan hak perorangan atau masyarakat. Bila hal ini dilakukan seseorang atau suatu masyarakat, maka mereka tidak dapat dituntut atau disamakan dengan perilaku kekerasan ataupun terorisme.

Dalam riwayat Ibn Hisham (wafat 213 H) dipaparkan secara jelas latar belakang turunnya (asbabun nuzul) ayat ini, bahwa sebelum Bai'ah Aqabah, Rasulullah Shallallahu Alaihi Wassalam dan para sahabatnya belum diizinkan oleh Allah memerangi orang-orang kafir yang senantiasa memusuhi umat Islam. Mereka hanya diperintahkan untuk bersabar dalam menghadapi tindakan kekerasan yang dilakukan oleh pihak musuh. Ketika perlakuan kekerasan yang dilakukan kaum kafir semakin merajalela, mereka tidak hanya mengusir umat Islam dari tanah kelahiran mereka (Mekkah), akan tetapi juga berusaha merencanakan serangan terhadap kaum muslimin yang tinggal di Madinah. Dalam kondisi umat Islam semakin tersudut itu, turunlah Surat Al-Hajj ayat 39-40 sebagai legitimasi bagi umat Islam untuk memerangi orang-orang kafir yang senantiasa memusuhi mereka.

Pada posisi teraniaya, siapapun dan di manapun, seseorang akan memunculkan kecenderungan untuk membela dirinya dari keteraniayaan. Karena itu prinsip Islam untuk melakukan perlawanan tidak saja berdimensi keagamaan, tapi juga berdimensi kemanusiaan. Dalam konteks ayat tentang izin perang tersebut, tidak didapati adanya unsur pemaksaan memeluk Islam, akan tetapi menunjukkan adanya unsur-unsur yang mengharuskan kaum muslimin waktu itu untuk melakukan perlawanan, sehingga mereka diizinkan memerangi kaum kafir Quraisy Makkah.